A medida que la aguja se introduce en el cuerpo del paciente en la técnica de punción seca, va pasando por los diferentes tejidos que se encuentra en su camino provocando efectos fisiológicos en cada uno de ellos, enumeraremos estos y lo que acontece:
En primer lugar se encuentra con la piel que es la primera linea de la defensa del organismo, la piel entonces se rompe y se provocan acontecimientos fisiologicos derivados de esa ruptura.La región donde se realiza la punción seca, es una zona sensible que esta localizada en la zona donde se cree por palpación que esta ubicada la alteración de origen músculo esquelético.
Si así es, por debajo de la piel en esta zona existirán aumento de iones y de liquido en el espacio intersticial que hará que exista un aumento de la conductancia eléctrica. Cuando nosotros realizamos una punción, la introducción de la aguja va a producir respuesta inflamatoria local con lo que lo primero que vamos a ver es que la piel se enrojece alrededor de la aguja por dilatación de las redes vasculares y consecuentemente se produce un edema.

Posteriormente la aguja atraviesa el tejido conjuntivo. En un primer momento en ese trayecto se acoplan aguja y fibras de colágeno, porque la carga eléctrica del tejido conjuntivo atrae el metal de aguja, este fenómeno de acoplamiento provoca que se produzca una fricción de la aguja con respecto al tejido conjuntivo.

Este fenómeno provoca que si la técnica de punción que utilizamos es la de rotación, aparezca resistencia a esta rotación, ocurriendo lo mismo si es de trayecto lineal. Este fenómeno provoca en el paciente sensación de rigidez.
Se ha comprobado que de todo el tejido conectivo, esa fuerza mecánica de entrada de la aguja afecta a las fibras de colágeno, a los fibroblastos, y a la matriz extracelular principalmente.

Debido a este estímulo mecánico se provocan fenómenos de mecanotransducción, reorganizándose el citoesqueleto intracelular, con liberación de factores de crecimiento y activación de vías de información intacelulares y proteinas celulares involucradas en la transcripción de genes específicos.

Si la variante de la técnica que se utiliza es punción seca profunda, la aguja llega al punto gatillo en el tejido muscular, donde provoca por un lado estímulo mecánico sobre la placa motora hiperexcitada y disfuncional y por otro lado un estiramiento del músculo en disfunción, bloqueando el proceso de crisis energética que se considera base de la fisiopatología de los puntos gatillos miofasciales.

La punción seca en el músculo provoca una relajación, restablece la circulación sanguínea por activación de cambios bioquímicos, hecho que provocará una evacuación de las sustancias algógenas (serotonina, bradiquinina, sustancia P…)liberadas en los puntos gatillo miofasciales, y estimula mecanismos de reparación tisular.La introducción de la aguja en el punto gatillo provoca respuesta de espasmo local.

En su entrada en el músculo, la aguja lesiona focalmente a los miocitos debido al diametro menor de estos, pero estas lesiones son regeneradas completamente sin rasgo de cicatriz fibrosa.